微生物全基因組重測序服務
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服務介紹:
對已知序列的微生物基因組進行重測序,通過序列比對,可以進行個體或群體間的差異分析,找到大量的SNPs(單核苷酸多態性位點),InDel(插入缺失位點Insertion & Deletion)、SV(結構變異位點Structure Variation)等變異類型,以廉價的方式將單個參考基因組信息擴增為生物群體的遺傳特征。此種高通量的測序方式,可以在全基因組水平上解釋導致性狀差異的原因,為篩查菌株的優良性狀,菌株抗藥性等研究提供指導與依據。
南京普東興生物科技有限公司是由普朗醫療與東南大學共同投資創辦,針對不同需求的合作伙伴,制定了研究方向,選擇不同的測序深度,可以進行三種類型的細菌基因組測序,包括微生物基因組框架圖,精細圖,完成圖;可以靈活選擇測序方案,構建真菌基因組精細圖。
圖 細菌基因組圈圖及COG分析
產品優勢:
1、擁有標準化操作實驗室和高通量測序技術平臺,實驗周期短,質量可靠;
2、性價比高:在檢測真菌類時,低價獲得至少50×coverage的全基因組測序數據以及分析比對結果;在檢測細菌類時,低價獲得至少100×coverage的全基因組測序數據以及分析比對結果,可提供初步組裝;
3、快速精準:擺脫傳統的研究方法,直接從單堿基水平快速獲得物種真實信息,單堿基分辨率達到99%以上。
應用領域:
在進行微生物全基因組重測序服務時,針對真菌和細菌兩大類,有不同的應用領域:
(一)真菌類應用領域:
1、通過比較基因組分析挖掘植物病原真菌的關鍵致病因子;
2、挖掘食用、藥用真菌主要的功能基因;
3、通過大樣本量的群體分析可得出物種進化規律、地理分布規律等。
(二)細菌類應用領域:
1、細菌基因組重測序可應用于生物醫藥領域(如抗生素);
2、細菌基因組重測序可應用于工業生產(如發酵);
3、細菌基因組重測序可應用于環境治理(如分解石油);
4、通過細菌基因組比較分析有助于闡明微生物的許多特性(如耐高溫、耐鹽、降解塑料和抗藥性等;
5、對致病細菌的研究主要集中于毒力因子、致病島、耐藥基因、耐藥機制以及與寄主的關系等, 通過比較可以發現或預測致病菌的致病相關基因, 為疾病的診斷、藥靶的尋找和疫苗或抗生素的研制提供理論支持;
6、通過基因組比較還可以研究進化史、構建生物進化樹。
實驗方案流程:
技術流程:
1、樣本質檢
接到客戶樣品的第一時間進行質檢,質檢合格的樣品方能保證文庫構建的順利進行。
2、文庫構建
3、模板制備
將構建成功的文庫經過擴增富集,得到陽性模板用于測序。
4、上機測序
采用Ion ProtonTM半導體測序技術,進行快速準確的測序。
數據分析流程:
1、數據處理
1)去除接頭污染和低質量數據;
2)產出數據及質控統計;
2、標準信息分析
1)初級組裝及評價,基因組概況(kmer分析,GC-Depth分析);
2)參考基因組同源性;
3)SNP和InDel的檢測及在基因組的分布;
4)物種進化(系統發育樹,進化選擇壓力);
3、高級信息分析
1)數據注釋結果的初級應用;
2)不同研究領域的信息挖掘推薦;
4、個性化分析
可結合客戶的實際需求,協商確定信息分析的內容,定制化分析服務。
服務須知:
1、樣本接收:
1)基因組DNA。樣本量:m≥6μg;濃度:c≥30 ng/μL;純度OD260/280≥1.8~2.0,OD260/230≥2.0
2)50ml新鮮培養菌液。
2、服務周期
我們會在接收到客戶的樣品并檢測合格后的30個工作日內完成客戶的樣品測序及全部信息分析工作,并提供給客戶相應的結題報告及數據。
選擇普東興的理由:
1、個性化方案設計:根據客戶的研究目的及項目需求,提供個性化方案設計,實現效益大化;
2、項目重視程度:我公司對所有項目都高度重視。除為客戶設計個性化的測序方案外,在整個項目開展階段,我們為客戶提供技術咨詢服務。項目結束后,我們仍長時間保留客戶的數據,如果您在解讀數據、發表文獻方面遇到了困難,我們竭誠為您提供技術支持;
3、平臺優勢:我公司擁有尖端科技半導體高通量測序儀,并與上海生物信息技術研究中心建立戰略合作,擁有強大的生物信息分析平臺,這使得我公司在市場上有很強的競爭力;
4、地理優勢:我公司地處南京,距離華東地區科研單位較近,而且在全國各地設有辦事處,順暢的溝通保證了項目進行過程中遇到的問題可隨時解決,提高項目的完成效率。
希望你我的合作將共同搭建一個幸福的橋梁!全國免費咨詢電話:400-6656-888。